What are the factors that affect DNA-protein interactions?


Q:What are the factors that affect DNA-protein interactions? 

I am doing a DNA-protein binding kinetics experiment, and I would like to ask your expertise regarding factors that affect DNA-protein interactions such as salt, cofactors, etc

A: Salt is a major factor with in vitro DNA binding as too high a concentration will reduce binding through electrostatic interactions.  Ideal conditions would be no salt but that’s not always possible. pH can also be a factor depending on the protein.  Addition of diva lent ions such as mg or zn are generally only required for enzymatic activity not the actual DNA binding.

 

Theo câu trả lời này thì có 3 factors đó là:

1) Nồng độ muối (quá cao sẽ obstruct binding qua tương tác tĩnh điện), không có muối thì tốt hơn nhưng ko nhất thiết

2) pH cũng ảnh hưởng, bởi lẽ pH và pI của protein có quan hệ mật thiết đối với điện tích của protein

3) Các ion hóa trị 2 như Mg và Zn thông thường là cần thiết cho các phản ứng enzyme, thường không ảnh hưởng tới DNA Protein binding

Advertisements

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s

%d bloggers like this: