Trình tự mã hóa protein (1)


Các trình tự mã hóa protein là các trình tự DNA được phiên mã thành mRNA và mRNA này sau đó được dịch mã thành chuỗi polypeptide. Cứ 3 nucleotides, gọi là 1 codon (Cô đơn cho dễ nhớ), trong 1 trình tự mã hóa protein được mã hóa cho 1 amino acid trong chuỗi polypeptide. Trong một vài trường hợp, các bộ khung (chắc là khung của DNA) khác nhau có thể sơ đồ hóa 1 codon đã biết cho 1 trình tự khác hoặc có thể sử dụng các codon khác nhau ở mức độ thường xuyên cao hay thấp. Vì thế một vài trình tự mã hóa protein có thể được tối ưu hóa cho sử dụng trong một bộ khung cụ thể.

Một trình tự mã hóa cho một protein thường được bắt đầu bằng 1 codon mở đầu (thường là ATG) và kết thúc bằng một codon kết thúc (thường bao gồm 2 codon kết thúc TAA TAA). Các trình tự mã hóa protein thường được viết tắt là CDS. (coding sequense)

Mặc dù các trình tự mã hóa protein thường được coi là các thành phần cơ bản, thực tế các trình tự mã hóa protein, chính chúng có thể được tạo thành bởi 1 hoặc nhiều regions (khu vực), gọi là các Protein domain. Ngoài ra, một trình tự mã hóa protein có thể được nhập vào như một thành phần cơ bản hay như là một thành phần cấu tạo của 2 hay nhiều protein domains.

1.Vùng đuôi kết thúc N-terminal của 1 trình tự mã hóa protein đặc biệt ở chỗ: Trước hết, nó luôn bao gồm 1 codon mở đầu, cách ra một khoảng thích hợp từ điểm bám dính ribosomal. Thứ hai, rất nhiều khu vực mã hóa có các đặc tính đặc biệt ở đuôi kết thúc N, như là tags xuất khẩu protein và cắt lipoprotein và các đuôi đính kèm. Những tags này xảy ra tại phần mở đầu của 1 khu vực mã hóa và vì vậy gọi là Head Domain.

2. Một protein domain là một trình tự amino acids gập một cách tương đối độc lập và xáo trộn một cách có tiến hóa như là một đơn vị giữa các khu vực mã hóa protein khác nhau. Trình tự DNA của các domain đó phải duy trì sự dịch mã in-frame (trong khuôn khổ???), và do đó là tổ hợp của các 3 bases. Vì những domain này nằm trong trình tự mã hóa protein, chúng gọi là các nội domain. Các vùng nội domain cụ thể có các chức năng khác nhau trong việc phân cắt protein nên được gọi là các vùng nội domain đặc biệt.

3.Tương tự như vậy, các đuôi C-terminal của protein cũng đặc biệt, bao gồm ít nhất 1 codon kết thúc. Các chức năng khác, như là đuôi phân hủy, cũng phải có mặt tại đuôi cực C-terminus. Một lần nữa, những domain này không thể hoạt động được khi nằm ở đoạn giữa của trình tự, và chúng được gọi là các domain đuôi (tail domains)

Đọc thêm ở đây:

Protein domains.

Trình tự mã hóa protein phải có dạng như sau:

GAATTC GCGGCCGC T TCTAG [ATG … TAA TAA] T ACTAGT A GCGGCCG CTGCAG

Advertisements

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s